有机氮主要以蛋白质形式存在，还有尿素、胞壁酸、脂肪胺、尿酸和有机碱等含氨基和不含氨基的化合物，有些有机氮如果胶、甲壳质和季胺化合物等很难生物降解。生产这些有机氮或以这些有机氮为原料的工业排放的废水中会含有这些有机氮。钢铁、炼油、化肥、无机化工、铁合金、玻璃制造、肉类加工和饲料生产等行业排放含有氨氮的工业废水，皮革、动物排泻物等新鲜废水中氨氮初始含量并不高，但由于废水中有氮的脱氨基反应在废水贮存或在排水管道中驻留一段时间后氨氮的浓度会迅速增加。 对有机氮工业废水可采用生物法处理，在微生物去除有机碳的同时，高级氧化通过生物同化及生物矿化作用将废水中的有氮转化为氨氮。氨氮废水的处理方法有汽提、空气吹脱、离子交换、活性炭吸附、生物硝化和反硝化等。

污水处理运营中高浓度有机废水含酸含碱废水来源很广，化工、化纤、制酸、电镀、炼油以及金属加工厂酸洗车间等都会排出酸性废水。有的废水含有无机酸如硫酸、盐酸等有的则含有蚁酸、醋酸等有机酸有的则兼而有之。废水含酸浓度差别很大从小于1%到10%以上都有。造纸、印染、制革、金属加工等生产过程会排出碱性废水大多数情况下含有无机碱，也有些废水含有有机碱。某些污水处理运营中废水的含碱浓度很高最高可达百分之几。废水中除含有酸、碱外还可能含有酸式盐和碱式盐以及其他的酸性或碱性的无机物和有机物等物质。   污水处理运营中将含有酸碱的废水随意排放不仅会对环境造成污染和破坏而且也是一种资源的浪费。因此对酸、碱废水首先考虑回收和综合利用。当酸、碱废水浓度较高时，例如含酸废水含酸量达到4%以上、含碱废水含碱量达到2%以上时，就存在回收和综合利用的可能性，污水处理运营中可以用以制造硫酸亚铁、石膏、化肥也可以回用或供其他工厂使用。污水处理运营中高浓度有机废水浓度低于4%的酸性废水和浓度低于2%的碱性废水因为回收利用的意义不大才考虑进行中和处理。