难生物降解有机物指的是不能被未驯化的活性污泥所降解、而经过一定时间驯化后能在某种程度上降解的有机化合物。废水中的一些有毒大分子有机物如有机氯化物、有机磷农药、有机重金属化合物、芳香族为代表的多环及其他长链有机化合物都属于难以被微生物降解的有机物。还有一些有机化合物根本不能被微生物降解可称为惰性有机物。 因此对含有这类有机物的废水应采取培养特种微生物等形式对其进行单独处理或对其采用厌氧等特殊工艺处理使其部分CODC转化为BOD5、提高可生化性然后再混合其他污水一起进行二级生物处理。

生活污水中磷的主要来源是含磷洗涤产品的使用、人类排泄物、生活垃圾，洗涤产品主要采用磷酸钠和聚合磷酸钠，洗涤剂中的磷随污水流入水体。工业废水是造成水体中磷超标的主要因素之一，工业废水具有污染物浓度高、污染物种类多、难降解、成分复杂等特点，若工业废水未经处理直接排放会对水体造成巨大冲击，对环境和居民健康造成不良影响。 磷的去除一般有利用聚磷菌的生化法（AO、A2O、氧化沟等）和化学除磷（PAC、PFS等），而工业污水中有部分的次磷及有机磷，必须用到高级氧化预处理之后才能正常除磷。