运行状态不理想，通常是由于上述三种调整不能及时引起，水力负荷(F/M)不适当也可能是原因之一，也有可能是机械或水力故障和进水水质突变(如非计划性工业污水的冲击负荷)引起。及时的调整须在运行中长期对季节性水质(含水温)水量的趋势分析后得以总结。

运行参数的调整具有滞后效应,故应小心调整(单次调整量应小于10%)并耐心观察。常见的运行故障表征及应对方法详见附录四,系统故障诊断指南，各厂可依据各自情况增删。在运行状态纠偏的过程中,其中关键的过程控制参数为F/M，即BOD5污泥负荷，F/M计算公式如下：

F/M=(Q*BOD5)/(MLVSS*Va)

MLVSS=f•MLSS

上式中：

Q：进水量(m3/d)

BOD5：五天生化需氧量(mg/L)

f：常数，对市政污水一般取0.75

MLVSS：混合液挥发性悬浮固体浓度(mg/L)

Va：氧化沟有效容积(m3)

由于BOD5需要五日才能取得结果，因此又采用测定COD来推BOD5，对氧化沟的F/M值应控制在0.05到0.15之间。